Ninjutsu (忍術 - "techniki ninja")
Dziedzina odpowiadająca za dobrze znane techniki ninja. Wraz z wyborem tejże specjalizacji, ujawnia się dostęp do ogromnej bazy najróżniejszych jutsu. Warto napomnieć, iż żaden inny dział nie ma ich aż tyle. Ponadto techniki te zostały także podzielone na żywioły. Wojownik wyspecjalizowany w ninjutsu potrafi doskonale kontrolować swoją energię wewnętrzną, co też sprawia, że nauka technik przychodzi mu z większą łatwością.
Taijutsu (体術 - "techniki ciała")
Gałąź wiążąca się ze sztuką walki wręcz. Całe sedno specjalizacji stanowi fizyczny trening ciała. Ninja opierający się o taijutsu sprawia, iż jego ciosy są nieporównywalnie szybsze i bardziej precyzyjne, niżeli innego, przeciętnego wojownika. Ponadto znajomość tejże dziedziny powoduje wzrost każdego przelicznika do siły i szybkości z technik o 0,1. W skrócie - stają się jeszcze potężniejsze.
Genjutsu (幻術 - "techniki iluzji")
Specjalność przeznaczona dla ninja, którzy kochają płatać figle. Zwodzenie innych dziwnymi wizjami, urojeniami, przysparzanie sztucznego bólu, bądź rzekoma zmiana wyglądu otoczenia, to jedynie kilka przykładów korzystania z dziedziny. Szeroko pojęta iluzja wiąże się z dużymi kosztami energii, dlatego też jej użytkownicy najczęściej posiadają obfite pokłady chakry.
Fūinjutsu (封印術 - "techniki pieczętujące")
Zakres technik odpowiedzialnych za pieczętowanie przedmiotów lub rzeczy niematerialnych. Mogą być to zarówno bronie białe, miotane, artefakty, a także wspomnienia lub myśli. Dziedzina okazuje obfity pakiet najróżniejszych możliwości. Wyspecjalizowany w tym kierunku ninja cechuje się doskonałą znajomością swojej wewnętrznej energii. Łatwo go rozpoznać, bowiem praktycznie zawsze nosi przy sobie zwoje. W nich zaś może pieczętować, czy to dla siebie czy dla kogoś za opłatą.
Summonjutsu (呼ぶ術 - "techniki wezwania")
Rzadka dziedzina, którą opanowują osoby korzystające z pomocy tak zwanych summonów. Zezwala na poznanie technik bezpośrednio z nimi powiązanych. Ponadto bez niej nie istnieje możliwość łączenia własnych technik z jutsu przywołańców. Specjalizacja zmniejsza koszt przywołania o połowę oraz wydłuża długość tur, po których chowaniec wraca do swego świata, aż o cztery. A co najciekawsze - gałąź odpowiada także za poznawanie nowych summonów, co wiąże się z pobytem na legendarnej górze Myōbokuzan.