Uchiha (うちは)

Jedna z najstarszych rodzin, wciąż budząca przerażenie na niezliczonych prowincjach współczesnego świata. Przedstawiciele niezwykłego dōjutsu, zwanego sharinganem. Wzbudzone pod wpływem negatywnych emocji oczęta przewidują ruchy przeciwnika, potrafiąc odtworzyć je w przyszłości. W wielu przypadkach ich pierwszym żywiołem jest ogień, powiązany z siłą i niszczycielską mocą czerwonych oczu. Ponadto członkowie rodu wykazują wysoką tendencję do walki wręcz oraz nauki rzucania iluzji.

Siedziba organizacji: Klan Uchiha
Kekkei Genkai: Sharingan
Lider: Yocharu

Senju (千手)

Twórcy większości lasów w Kraju Ognia. Ród, który opanował tajniki legendarnego limitu krwi - elementu drewna. Od wieków stanowi największego wroga wyżej wymienionej rodziny Uchiha. Ich główną specjalizacją określić można ninjutsu, bowiem dzięki kekkei genkai kontrolują pobliską roślinność, bądź tworzą olbrzymie drewna. Przedstawiciele klanu trzymają przeciwników na dystans i w wielu przypadkach nie prowadzą walki wręcz. Ponadto cechuje ich wysoka inteligencja oraz dobre wychowanie.

Siedziba organizacji: Klan Senju
Kekkei Genkai: Mokuton
Lider: Katsuro

Hyūga (日向)

Posiadacze białych oczu, czyli rzadkiego, co równie potężnego dōjutsu. Charakteryzującego się całkowicie mlecznym polem, pozbawionym tęczówki i źrenic. Aktywowany poszerza i uwypukla żyły wokoło skroni. Przedstawiciele klanu specjalizują się w walce wręcz, co spowodowało wykształcenie na przestrzeni wieków własny, unikalny styl - Jūken. Ponadto polegając na limicie krwi, otrzymują olbrzymie pole widzenia, przenikając przez struktury, co zaś jest przyczyną ich idealnych zdolności tropicielskich.

Siedziba organizacji: Klan Hyūga
Kekkei Genkai: Byakugan
Lider: brak

Nara (奈良)

Przedstawiciele tego klanu cechują się zwyczajnym lenistwem i ponadprzeciętną inteligencją. Wykazują tendencję do tworzenia taktyk i analiz wojennych, choć w przeważających przypadkach nie biorą udziału w bezpośrednim ogniu walki. Ich limit krwi polega na kontroli cienia, którego głównym zastosowaniem jest przejęcie władzy nad ciałem przeciwnika. Jeżeli chodzi o preferowany styl walki, z pewnością jest to utrzymywanie dużej odległości względem przeciwnika, czyli prowadzenie pojedynku na dystans.

Siedziba organizacji: Klan Nara
Kekkei Genkai: Kagegasasu
Lider: brak

Kiyoshi (きよし)

Potomkowie wyniosłych ninja, którzy opanowali sztukę łączenia żywiołów. W tym przypadku ziemi oraz wiatru, co w rezultacie tworzy kryształ. Niezwykłe właściwości tego tworu czynią z nich świetnych obrońców, bowiem jest on niezwykle twardy, wręcz zupełnie niepodatny na ataki fizyczne. Ponadto posiadają ogromny wachlarz umiejętności ofensywnych, poczynając od technik słabych, a kończąc na dostępnych jedynie dla wykwalifikowanych jednostek. Biorąc pod uwagę większość przypadków, unikają walki wręcz, zachowując stanowczy dystans względem przeciwnika.

Siedziba organizacji: Klan Kiyoshi
Kekkei Genkai: Shōton
Lider: brak

Kaguya (かぐや)

Dość niezwykły klan, który wytrenował zdolność manipulacji własnym układem kostnym, przez co są niezwykle wytrzymali. Potrafią zmienić rozmiar, a nawet kształt wybranej przez siebie kości, ogranicza ich w tym tylko własna chakra. Z tego względu są typowymi ninja walczącymi w zwarciu, choć mają w swoim arsenale klanowym ataki dystansowe. Krótko mówiąc łaknący krwi klan posługujący się głównie TaiJutsu.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Shikotsumyaku
Lider: brak

Akimichi (秋道)

Członków tego klanu cechuje spora masa ciała. Dzieje się tak nie tylko dlatego, że kochają jeść, lecz za sprawą ich Kekkei-Genkai - Baika Zōmu. Swoją energię czerpią z jedzenia, które "pożerają" masowo. Techniki klanowe opierają się na owej dużej masie ciała. o dziwo, potrafią tą masę zwiększyć jeszcze kilkunastokrotnie. Specjalizują się w TaiJutsu, w walce bezpośredniej.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Baika Zōmu
Lider: brak

Yuki (雪)

Tak ja Senju członkowie klanu Yuki opanowali niezwykle trudną sztukę mieszania podstawowych żywiołów chakry. Hyōton to połączenie żywiołu wiatru (Fuuton) oraz wody (Suiton). Powstały z tego połączenia element lodu to niezwykle potężna broń. Ninja z klanu Yuki są typowymi dystansowcami, poniekąd zmusza ich do tego ich KG. Biegle posługują się NinJutsu, chociaż z TaiJutsu też sobie radzą. Ich niesamowite techniki lodowe są groźne zarówno w defensywie jak i ofensywie.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Hyōton
Lider: brak

Namikaze (波風)

Niezwykły klan. Mówią o nich, że potrafią podróżować w czasie. To wszystko za sprawą niesamowitego KG - Assarikaze, który pozwala im na błyskawiczne przemieszczanie się z miejsca na miejsce. Legenda głosi, że najlepsi potrafią przemierzać morza i oceany w mrugnięciu oka. Od dziecka trenują swoją szybkość i zręczność, by móc idealnie panować nad swoim KG. Specjalizują się głównie w FuuinJutsu i TaiJutsu, chociaż NinJutsu nie jest im obce. Nie potrafią (przeważnie) walczyć w dystansie, kochają walkę w zwarciu i są w niej bardzo dobrzy.

Siedziba organizacji: Klan Namikaze
Kekkei Genkai: Kiiroi Senkō
Lider: brak

Sabaku (砂)

Ci ninja posiadają chyba najbardziej defensywne Kekkei-Genkai. Opanowali możliwość kontroli piasku, który każdy członek klanu ma zawsze ze sobą, jak również piasek z otaczającego ich środowiska. Najsilniejsi wypracowali obronę zwaną "obrona absolutną". To, że są najlepszymi defensorami nie znaczy, że nie posiadają możliwości ofensywnych, wręcz przeciwnie, piasek sprawdza się w obydwu przypadkach. Sprawnymi ruchami potrafią zabić w sekundę, bez robienia przy tym zbędnego hałasu. Posługują się jedynie NinJutsu, ponieważ TaiJutsu jest im niepotrzebne, a atakują przeważnie z dystansu.

Siedziba organizacji: Klan Sabaku
Kekkei Genkai: Suna Kontorōru
Lider: brak

Ayatsuri

Władcy marionetek, klan Ayatsuri, który swoją nazwę wziął od własnego Kekkei-Genkai. Potrafią tworzyć niewidzialne nici chakry, za pomocą których kontrolują drewniane marionetki bojowe. Sami praktycznie wcale nie uczestniczą walce, są zajęci kontrolą swoich lalek. Z miarę rozwoju potrafią kontrolować kilka lalek jednocześnie. Ich główną specjalizacją jest FuuinJutsu, ponieważ pieczętują swoje marionetki w celu łatwego przechowywania. Ataki w zwarciu są im raczej obce.

Siedziba organizacji: Klan Ayatsuri
Kekkei Genkai: Kugutsu
Lider: brak

Aburame (油女)

Ninja z klanu Aburame to dość dziwne i zamknięte w sobie istoty. Nie są zbyt wygadane i w sumie nie wyglądają na wielkich wojowników - pozory mylą. Sekret ich mocy tkwi w Kekkei-Genkai zwanym Kikō. W zamian za użyczenie swojego ciała pod dom dla wszelkiego robactwa członek klanu otrzymuje nad nimi pełną kontrole oraz posłuszeństwo. Robaki nie tylko mieszkają na ciele ninja z Aburame, lecz także żywią się jego chakrą. Układ wydaje się być rozsądny. Techniki klanowe są potężne i wielu przypadkach śmiertelne dla przeciwnika. Ci ninja specjalizują się w NinJutsu, TaiJutsu jest im obce, ponieważ całą robotę wykonują z nich robaki.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Kikō
Lider: brak

Inuzuka (犬塚)

Specjalizują się w tresurze zwierząt, dokładnie psów wszelakiej maści, żyją razem z nimi na co dzień, nie tylko podczas walki. Już młodzi Inuzuka tresują swoich podopiecznych, z którymi spędzają resztę życia. Ich niezwykłe umiejętności są poniekad zasługą Kekkei-Geknai - Ainuken. Posługują się głównie TaiJutsu i uwielbiają walkę w zwarciu. Podobnie jak Hyuuga mają smykałkę do tropienia, przed ich niezwykle wyczulonym zmysłem powonienia nie warto się nawet próbować kryć.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Ainuken
Lider: brak

Kuran Sen

Przykład na to, że wiara może przynieść wielką moc. Członkowie klanu Kuran Sen wyznają boga Jashina, który jest wyjątkowo brutalny. Składają mu w ofierze swoich martwych przeciwników wierząc, że to doprowadzi ich do nieśmiertelności, bo właśnie nieśmiertelność jest sekretem Kekkei-Genkai Fumetsu. Ninja z tego klanu nie jest straszny kontakt fizyczny, a ból jest dla nich niezwykle miłym przeżyciem, dlatego też specjalizują się głównie w TaiJutsu, w walce bezpośredniej.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Fumetsu
Lider: brak

Kakukoro

Kolejny klan słynący ze swoich brutalnych metod i drugi, o którym mówią nieśmiertelny. Kekkei-Genkai Sosa przystosowuje ciało ninja do przyjęcia kilku serc, stąd owe pogłoski o nieśmiertelności. Klan Kakukoro od lat polował na ludzi w celu odebrania im życia i przywłaszczenia sobie ich. Specjalizują się w technikach NinJutsu i TaiJutsu. Techniki najlepszych członków klanu są zdolne zniszczyć ogromne obszary ziemi.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Ainuken
Lider: brak

Futago

Genetyczni odmieńcy, tak można krótko zdefiniować klan Futago. Kiedy spotkasz członka tego klanu wiedz, że nie jest Was dwóch, bowiem każdy osobnik z tego klanu nosi w sobie drugą osobę, swojego brata. Jest to zasługa KG Sōma no Kō, które w miarę rozwoju wykształca w ciele klanowicza brata bliźniaka. Owy brat znacznie zwiększa zdolności bojowe, a w przyszłości mogą się nawet rozdzielić. Ninja z klanu Futago specjalizują się w TaiJutsu i NinJutsu, głównie walka w zwarciu.

Siedziba organizacji: Kryjówka Samotników
Kekkei Genkai: Sōma no Kō
Lider: brak